از منظر سازمانی،مرکز زیر نظر مستقیم رئیس دانشگاه صنعت نفت تأسیس شده است.
شورای راهبردی مرکز متشکل از مدیر کل HSE و مدیران HSE چهار شرکت اصلی (نفت/گاز/ پاالیش و پخش/ پتروشیمی)، رئیس دانشگاه صنعت نفت، معاون ایمنی و آتشنشانی و رئیس برنامهریزی و ارزیابی عملکرد HSE وزارت نفت، رئیس دانشکده نفت آبادان و مدیر مرکز (دبیر شورا)،وظیفه سیاستگذاری، تصویب برنامههای راهبردی و ارزیابی عملکرد مرکز را بر عهده دارد.ساختار مرکزبه شرح ذیل است:
شورای راهبری
رئیس دانشگاه
شورای اجرایی
مدیر مرکز
معاونت آموزش و توانمندسازی:طراحی، اجرا و صدور گواهی دورههای تخصصی
معاونت پژوهش و توسعه فناوری:پروژههای تحقیقاتی، مدلسازی، نرمافزار و بانک داده